Introducción
Comienzo una nueva sección con software para Biología. Les cuento que tengo instalado Ubuntu con Wubi y necesito usar software estadístico y de GIS (uso gvSIG). A pesar de que muchas veces estuve tentado de dejar Windows, nunca dí el gran salto. Muchas veces no nos pasamos completamente a Linux por el miedo de no conseguir programas equivalentes para lograr los ciertos objetivos o tareas a realizar. Tengo una gran traba en este sentido, no quiero aprender a usar software R, porque personalmente me resulta muy complejo y engorroso entre otras cosas. En Wubi pude instalar en R Commander y algo pude utilizarlo, hasta que por ciertas cosas conocí el software PAST.
PAST es un programa en versión portable y GRATUITO, pero solo para plataforma Windows. está diseñado por paleontólogos y es para biólogos en general. Les paso las características tal cual su homepage (evito traducir porque puedo tener errores y el software está en inglés).
Características
PAST is a free, easy-to-use data analysis package originally aimed at paleontology but now also popular in many other fields. It includes common statistical, plotting and modelling functions:
# A spreadsheet-type data entry form
# Both interactive user interface and scripting
# Graph, scatter, 3D scatter, bubble, histogram, kernel density estimation, box, percentile, ternary, survivorship, spindle, matrix, surface and normal probability plots
# Curve fitting: Linear (ordinary least squares, Reduced Major Axis, Major Axis, robust) with bootstrapping and permutation, lin-log (exponential), log-log (allometric), polynomial, logistic, von Bertalanffy, sum-of-sines, smoothing splines, LOESS smoothing, Gaussian (species packing), multiple regression.
# F, t, permutation t, Chi-squared w. permutation test, Fisher's exact, Kolmogorov-Smirnov, Mann-Whitney, Shapiro-Wilk, Jarque-Bera, Spearman's Rho and Kendall's Tau tests with permutation, correlation, covariance, contingency tables, one-way and two-way ANOVA, one-way ANCOVA, Kruskal-Wallis test, sign test, Wilcoxon signed rank test with permutation, Fligner-Killeen test for coefficients of variation, mixture analysis, survival analysis (Kaplan-Meier curves, logrank and other tests), risk difference/risk ratio/odds ratio with tests.
# Diversity indices with bootstrapping and permutation, individual- and sample-based rarefaction. Capture-recapture richness estimators. Renyi diversity profiles, SHE analysis, beta diversity.
# Abundance model fitting: Geometric, log-series, log-normal, broken stick.
# Multivariate statistics: Principal Components (with Minimal Spanning Tree, bootstrapping etc.), Principal Coordinates (19 distance measures), Non-metric Multidimensional Scaling (19 distance measures), Detrended Correspondence Analysis, Canonical Correspondence Analysis, Cluster analysis (UPGMA, single linkage, Ward's method and neighbour joining, 19 distance measures, two-way clustering, bootstrapping), k-means clustering, seriation, discriminant analysis, one-way MANOVA, one-way and two-way ANOSIM, one-way NPMANOVA, Hotelling's T2, paired Hotelling's T2, Mahalanobis-distance permutation, Mardia's multivariate normality, Box's M, Canonical Variates Analysis, multivariate allometry with bootstrapping, Mantel test, SIMPER, Imbrie & Kipp factor analysis, Modern Analog Technique, two-block Partial Least Squares.
# Time series analysis: Spectral analysis, REDFIT, autocorrelation, cross-correlation, wavelet transform, Walsh transform, runs test, Markov chains. Mantel correlogram and periodogram. ARMA, Box-Jenkins intervention analysis. Point events analysis. Solar forcing model.
# Geometrical analysis: Directional statistics (Rayleigh, Rao, chi-squared, Watson-Williams, circular kernel density estimation, angular mean with CI, rose plots, circular correlation), kernel density estimation of point density, point distribution statistics (nearest neighbour and Ripley's K), coordinate transformations (WGS84, UTM etc.), Fourier shape analysis, elliptic Fourier shape analysis, eigenshapes, landmark analysis with Bookstein and Procrustes fitting (2D and 3D), thin-plate spline transformation grids with expansions and principal strains, partial warps and scores, relative warps and scores, centroid size from landmarks, size removal by Burnaby's method.
# Parsimony analysis (cladistics): Exhaustive, branch-and-bound and heuristic algorithms, Wagner, Fitch and Dollo characters. Bootstrap, strict and majority rule consensus trees. Consistency and retention indices. Three stratigraphic congruency indices with permutation tests. Cladograms and phylograms.
# Biostratigraphy with the methods of Unitary Associations, Ranking-Scaling (RASC), Appearence Event Ordination and Constrained Optimization (CONOP). Confidence intervals on stratigraphic ranges.
# Gridding (spatial interpolation): Moving average, thin-plate spline and kriging with three semivariogram models.
Included in the distribution are real data sets for educational use, together with extensive documentation and case studies.
PAST has been tested under Windows 95, 98, 2000, NT 4, XP and Vista.
Para un uso más sencillo uní los pdf en un único manual de usuario. Descargar Manual
No pude encontrar como instalarlo en Ubuntu por ningún lado. ¿Qué hice? Probé con Wine y funcionó!!
Pasos
1) Instalar Wine por terminal
sudo apt-get install wine
2) Configurar Wine
sudo winecfg
3) Descargar el .exe de PAST
http://www.nhm.uio.no/norges/past/download.html
4) Ir a Aplicaciones > Wine > Desinstala software de Wine > Dar instalar > buscar el Past.exe descargado. Listo!!
5) Crear un lanzador de escritorio para no tener que abrir siempre como paso 4)
Botón derecho > crear un lanzador > Nombre: PAST > Comando: (acá agregás wine + localización del Past.exe. Lo hacés así: sobre Past.exe > botón derecho > copiar > pegar en un .txt y tenés la ubicación!!) ejemplo: wine /home/xxxusuarioxxx/Descargas/Past.exe
Después corté la imagen del manual y la usé de ícono para el lanzador.
6) En Windows hacer doble click sobre Past.exe para usarlo.
PD. Espero que no se roben este post. No encontré en ningún lugar indicación alguna de como se usa en Linux!
Imágenes de como queda en Ubuntu 10.04
Fuentes:
http://folk.uio.no/ohammer/past/
martes, 21 de septiembre de 2010
PAST: Software estadístico para biólogos
jueves, 24 de septiembre de 2009
FUNCIONES VITALES DE LOS SERES VIVOS
- Reproducción
- Nutrición
- Relación
1. Reproducción
- Externa: las gametas en este tipo de fecundación se unen en el agua. Los huevos recién formados quedan en el agua.
- Interna: los espermatozoides tienen que ingresar al cuerpo de la hembra para que se unan las gametas.
- Bipartición: Una célula se divide en dos y da dos células hijas.
- Fragmentación: Es la división en dos de un solo organismo para generar dos nuevos seres vivos.
- Brotación o gemación: Los nuevos organismos se van a formar a partir de “yemas” del cuerpo del progenitor o padre.
2. Nutrición
- La alimentación: Este proceso en los vegetales ocurre con la elaboración propia de nutrientes (fotosíntesis). En los animales ocurre la incorporación de alimentos por diversos medios dependiendo del ambiente y el lugar en donde vivan. En estos dos grupos de seres vivos entonces vamos a encontrar los autótrofos (los vegetales) y los heterótrofos (los animales). Ver más abajo fotosíntesis paso a paso.
- La respiración: Es el proceso que realizan los seres vivos para obtener oxígeno. La respiración siempre tiene como finalidad la utilización del oxígeno combinado con el alimento para crear energía. Es decir, el producto final de la respiración es la elaboración de la energía. La respiración se divide en la respiración del organismo o ser vivo y en la respiración celular. Este último tipo de respiración es el que ocurre en las mitocondrias, y es el responsable de que cada una de las millones de nuestras células puedan respirar y obtener energía.
- La circulación: Es el transporte de sustancias a través del cuerpo. Los ejemplos más comunes de circulación es el sistema circulatorio. Este sistema es por donde viajan las sustancias que produce el ser vivo.
- La excreción: Es la eliminación de sustancias a través del cuerpo. En el ser humano eliminamos sustancias por medio de la orina y la materia fecal.
3. Relación
domingo, 9 de agosto de 2009
Ciencia, Tecnología y Método Científico en la escuela.
Ciencia y Tecnología
La tecnología es el proceso mediante el cual los seres humanos diseñan herramientas y máquinas para incrementar su comprensión y control del entorno material. Un ejemplo de tecnología son las herramientas para la agricultura o la invención del automóvil. Un concepto diferente es la Ciencia, que podemos considerarla como el conjunto de conocimientos que buscan explicar el mundo que nos rodea. Los científicos se hacen preguntas y buscan las soluciones a estos problemas. La ciencia va cambiando a medida que transcurre el tiempo. Cada descubrimiento nuevo lleva a otro descubrimiento, y así se va generando más y más conocimiento. Por ejemplo, antes de Cristóbal Colón no se conocía el Continente Americano, pero una vez descubierto se fueron realizando otros descubrimientos posteriores, como otras culturas, ríos, cordones montañosos, etc. Dentro de lo que son las ciencias están las Ciencias naturales, que tienen por objeto el estudio de la naturaleza. Las distintas ramas de las ciencias naturales que podemos encontrar son: Astronomía, Biología, Física, Geología, Química, etc.
Método Científico
Los científicos para descubrir cosas nuevas fueron usando distintas estrategias. A medida que fueron mejorando estas estrategias para descubrir cosas llegaron a un solo método de descubrir cosas nuevas: el Método Científico. El método científico es un proceso destinado a explicar fenómenos, establecer relaciones entre los hechos y enunciar leyes que expliquen los fenómenos físicos del mundo y permiten obtener aplicaciones útiles al hombre. Los científicos emplean el método científico como una forma planificada de trabajar. Sus logros acumulativos de conocimientos han llevado a la humanidad a su estado cultural actual. Las etapas que podemos encontrar en el método científico son:
1) Observación: son los datos proporcionados por los sentidos. Observar no es fácil. Frecuentemente, el mundo que percibimos se reduce a lo que esperamos (ver, sentir, oler, escuchar y degustar). Muchos fenómenos suceden sin que nos demos cuenta: la repetición del orden de los colores en el arco iris, la recurrencia de lluvia a una hora determinada en la época lluviosa, la visita de un colibrí a una planta florida a horas específicas, etc. Para mejorar la observación es recomendable:
Salirse de los caminos conocidos y buscar diferentes maneras, horarios o perspectivas, que permitan apreciar un mundo más amplio y la multitud de fenómenos que en él suceden.
Agudizar los sentidos y, en la medida de lo posible, extenderlos con instrumentos. Por ejemplo, con una lupa podemos ver el detalle de la corteza de un árbol. Un termómetro nos lleva más allá de nuestro sentido del tacto y permite registrar la temperatura exacta de un objeto.
2) Problema: se plantea lo que se quiere responder en forma de pregunta. Las preguntas ayudan a profundizar en un tema, medir, comparar objetos o fenómenos, para luego clasificarlos. También ayudan a definir variables que tienen un efecto en el objeto de estudio. Este tipo de preguntas son fundamentales en el proceso de investigación, para llegar a resultados concretos. Ejemplos:
¿La Tierra es redonda …?
¿Cuánto mide …?
¿Por qué llueve …?
¿En qué se parecen…?
¿Qué pasaría si…?
3) Hipótesis: es la posible explicación o respuesta a la pregunta.
Experimentación: se hacen experimentos para poner a prueba la hipótesis. Para la experimentación es aconsejable tener en cuenta algunas consideraciones:
¿Qué recursos se necesitarán? ¿Cuánto cuestan y dónde se obtienen?
¿Cómo se recolectarán los datos?
¿Dónde se buscará más información?
4) Registro de datos o resultados: se obtienen y se registran datos o información de la experimentación. Hay que anotar los datos que pudiste observar en tu experimento para utilizarlos para sacar conclusiones.
5) Conclusiones: se confirma o no la hipótesis según qué datos se obtienen.
6) Ley: se hace una afirmación con seguridad gracias a las conclusiones que obtuve.
7) Teoría: se comunican los resultados a todo el Mundo.
¿Cómo pensás que se puede comprobar una hipótesis?
Para saber si una hipótesis es verdadera o no, se realizan experiencias o experimentos, sobre los que vamos a observar para analizar los resultados. En otras palabras “se pone a prueba” la hipótesis para ver si la aceptamos o la rechazamos. ¡Así con el método científico podemos resolver casi cualquier cosa que queramos resolver! Solo tenemos que concentrarnos en hacer correctamente cada una de las etapas. ¿En qué nos beneficia utilizar el método científico? Nos beneficia en que al entender como ocurren las cosas, las podemos por ejemplo, prevenir, modificar o incluso mejorarlas.
Fuentes:
Ciencias Naturales 7. 2005. Todos Protagonistas. Ed. Santillana.
martes, 17 de febrero de 2009
Reino Protista
Reino Protista.
El reino eucariótico más antiguo, los protistas incluyen una variedad de tipos de eucariotas (unicelulares, colonias multicelulares) y variedades nutricionales (heterótrofos, autótrofos o una combinación de ambos). Quizás una buena definición sea que son eucariotas que NO son hongos, animales ni plantas. Algunos son autótrofos otros heterótrofos y unos pocos pueden ser ambas cosas. Los tamaños de estos organismos varían desde microscópicos hasta 100m. como las algas pardas Macrocystis sp.
Características de los principales grupos
Algas Crisofitas: son algas pardas amarillas similares a las diatomeas pero tienden a agregarse unas con otras. Poseen tecas que las protegen del medio y son principalmente dulceacuícolas.
Algas Bacilariofitas o Diatomeas: es el principal componente del fitoplancton de los océanos. Son la base de la red trófica de los ecosistemas en que se encuentra. Todas son fotosintéticas. Están constituidas por dos valvas impregnadas de sílice llamados frústulos. Los frústulos acumulados por millones de años forman un tipo de roca la diatomita, las cual se usa de abrasivo y como componente de los dentífricos. También las valvas son un componente principal de los fondos y playas.
Algas Clorofitas o verdes: viven en aguas dulces, marinas y ecosistemas terrestres. Son las algas más diversas y la mayoría es acuática, aunque viven en una gran cantidad de ambientes incluso en la superficie de la nieve. Van desde tamaños microscópicos hasta algunas especies de 8 metros de largo. Pueden ser unicelulares o coloniales. Un ejemplo de algas coloniales es Volvox sp., el cual posee colonias esferoides con regiones de células diferenciadas, unas para reproducirse y otras para las funcionesalimenticias. Un claro ejemplo de algas multicelulares es la Ulva sp. o lechuga de mar, en estas algas la cariocinesis es seguida de citocinesis pero las células hijas no se separan, sino que quedan comunicadas formando un filamento.
Algas Feofitas o pardas: la mayoría son marinas de las regiones templadas y más frías del mundo. Las algas pardas reciben este nombre por su color y son de crecimiento muy rápido. Por ejemplo el género Laminaria sp. puede llegar a crecer 100m. en una sola estación. Del mismo orden que el género anterior es la Undaria pinnatifida (foto derecha) que asola invadiendo las costas del Golfo Nuevo (Argentina).Algas Rodofitas o rojas: viven mayormente en aguas marinas cálidas. Viven en las profundidades, el record de profundidad en la que se encontró un alga roja fue a 175m. de profundidad en las claras aguas de los mares tropicales. Son realmente de colores rojizos. Alcanzan algunos metros pero nunca el tamaño de las pardas.
Dinoflagelados: la mayoría son unicelulares, solo algunos forman colonias. Son fotosintéticos o parásitos. En general son de color marrón, pero hay especies bio luminiscentes como Noctiluca sp. que por la noche producen las “chispas” que se ven en las olas del mar. Algunas especies de color rojo producen fuertes toxinas, que alcanzando grandes densidades con condiciones ambientales dadas crea las llamadas “mareas rojas”. Las toxinas pueden acumularse en los moluscos, peces y llegar a ser consumido por el Hombre. Algunos dinoflagelados se asocian con los corales, anémonas y almejas.
Euglenoides: son las famosas euglenas. Viven en aguas dulces y marinas. Son fotosintéticos y pueden alimentarse de los desechos del ambiente e incluso cazar presas. Tienen movilidad con un flagelo que usan como látigo.imagen
Fuentes:
CURTIS HELENE & BARNES N. S. 2003. Biología. sexta edición en español. Ed. Médica Panamericana.
Hipertextos de Biología. UNNE.
http://www.biologia.edu.ar/biodiversidad/6reinos.htm
viernes, 6 de febrero de 2009
Reino Procariota (Monera) y virus.
El Reino Monera es el único reino compuesto de organismos procariotas, tienen pared celular no celulósica y no poseen organelas rodeadas de membranas ni formas multicelulares. Entre sus grupos se incluyen las cianobacterias (autótrofas) y las eubacterias (heterótrofas). Las bacterias son unicelulares, de vida libre, parásitos, patógenos, descomponedoras y son cosmopolitas.
Cianobacterias: Oscillatoria sp. y Nostoc sp.
Las bacterias están en todos los ambientes del planeta, son las primeras formas de vida. Presentan diversidad de formas que podemos reconocer:
Cocos: con forma de esferas.
Bacilos: como bastones con extremos redondeados, como Escherischia coli.
Espirilos: células helicoidales.
Vibriones: con forma de coma, ej.: Vibrio cholerae, causante del cólera.
Características de los virus
También en este reino según algunos autores, estarían incluidos los virus. Hay muchos autores que no consideran a los virus como formas de vida propiamente dichas, ya que no cumplirían completamente con una característica de la vida: la reproducción y herencia. Los virus son muy pequeños, mientras que una bacteria mide alrededor de 1 micrómetro, un virus puede medir la décima parte o menos. Solo puede observarse con un microscopio electrónico. Todos los virus son parásitos, ya que se introducen en células, en cuyo interior se reproducen, cuando están fuera de las células, son inertes y no muestran ninguna actividad. Son muy sencillos en cuanto a su estructura. Los más simples constan de un ácido nucleico (ADN o ARN), que contiene la información genética del virus, y una envoltura de proteínas, que protege al ácido nucleico y permite que el virus penetre en las células. Algunos son algo más complejos e incluyen, junto con el ácido nucleico, alguna enzima que necesitan, otros están rodeados por una membrana como la de las células. La consiguen cuando salen de las células a las que han infectado.
El primer paso en el ciclo vital de un virus es llegar hasta la célula que va a infectar. Lo consigue de una forma pasiva, arrastrado por el aire, el agua, la sangre, etc. Cuando un virus llega a la célula a la que va a infectar, se une a alguna proteína de su membrana. A continuación, el material genético del virus, ya sea ADN o ARN, penetra en el interior de la célula. Este material contiene las instrucciones necesarias para fabricar nuevos virus. La célula infectada sigue estas instrucciones y comienza a fabricar virus. Por último, los virus empiezan a abandonar la célula y pasan a infectar a otras. Como consecuencia de todo este proceso, la célula normalmente muere, o al menos queda muy debilitada. Es por ello por lo que se produce una enfermedad.
Fuentes:
CURTIS HELENE & BARNES N. S. 2003. Biología. sexta edición en español. Ed. Médica Panamericana.
Hipertextos de Biología. UNNE.
http://www.biologia.edu.ar/biodiversidad/6reinos.htm
viernes, 30 de enero de 2009
Reino Fungi
Reino Fungi
En este reino comienzan a existir organismos multicelulares complejos. El motivo es que un organismo formado por una sola célula, posee límites de tamaño que puede alcanzar y seguir funcionando efectivamente. Por esta limitación de tamaño hay dos factores críticos: que tienen que hacer todos los intercambios con el ambiente a través de la membrana plasmática, y si es muy grande entra en el conflicto superficie – volumen. El núcleo de la célula para que haga funcionar correctamente mucho citoplasma. Estos dos problemas han sido solucionados por la naturaleza. Puede verse en los hongos células aplanadas grandes y núcleos múltiples en un citoplasma común. Hasta 1996 han sido identificadas unas 71.000 especies, y se estima que hay 1.500.000 nuevas por descubrir.
Características exclusivas de los hongos:
Poseen pared celular (compartido con las plantas), poseen células eucarióticas y con muchos filamentos conformados con muchos núcleos en un mismo citoplasma. Cada filamento único se llama hifa y el conjunto de estas forman el micelio. Las paredes de estas hifas tienen quitina, que es una sustancia que nunca se encuentra en las plantas (compartido con los animales). Los hongos son heterótrofos y almacenan glucógeno (como los animales) y nunca almidón como las plantas. Algunos hongos forman una estructura visible llamada cuerpo fructífero.
Chytridiomycota: son hongos terrestres o acuáticos, la mayoría son saprobios o parásitos de plantas, insectos e incluso otros hongos.
Zygomicota: son hongos terrestres. La mayoría vive en los suelos alimentándose de plantas y materia animal muerta, es decir la mayoría son saprobios. Pueden algunas especies parasitar algunos insectos pequeños del suelo.
Ascomycota: en este grupo están las levaduras de uso en los alimentos, muchos también de los mohos negros, mohos verde azulados comunes etc. En este grupo están uno de los componentes biológicos gastronómicos más caros del mundo como las colmenillas y las trufas.
También está el cornezuelo del centeno (Claviceps sp.). Esta especie posee micotoxinas con efectos alcaloides y con propiedades vasoconstrictoras que ocasionan la gangrena de las extremidades. Hay que añadir la toxicidad sobre el sistema nervioso central que se manifiesta por convulsiones, estados depresivos y alucinaciones similares a las observadas con el LSD. Sus propiedades oxitócicas provocan abortos y partos prematuros. Este efecto abortivo del cornezuelo del centeno era conocido ya en la edad media siendo utilizado por curanderos y comadronas. A partir del siglo XVIII es utilizado en la práctica obstétrica para facilitar el parto. Se cree que esta era una plaga común en la Edad Media dentro de los campos de centeno, de los cuales se fabricaba el pan que consumía la mayoría de la población. Este es una de las posibles explicaciones históricas que tiene la cacería de brujas en esa época.
Basiodiomycota: es el grupo al que estamos más familiarizados, son los hongos de sombrero o setas. En las setas o cuerpo fructífero es donde se producen las esporas. El micelio es el conjunto de hifas que va en general subterráneamente conectando los cuerpos fructíferos. Para que aparezcan las setas es necesaria una gran cantidad de agua para que se llenen los protoplasmas. Este es el motivo de porque aparecen ciertas especies de la noche a la mañana. Dentro de este grupo están los champiñones del género Agaricus sp. y el peligroso hongo venenoso Amanita spp.
Hongos imperfectos: este es un grupo de hongos del cual se desconoce su reproducción sexual, por ello no se sabe con certeza como clasificarlos. Son de suma importancia para el ser humano por la producción de antibióticos y de control biológico de especies perjudiciales.
Líquenes
Es una relación simbiótica entre un hongo específico llamado micobionte, y un alga verde o cianobacteria llamada ficobionte. El organismo resultante de esta combinación es totalmente distinto a cada uno de los organismos en forma individual. Son cosmopolitas viviendo incluso en las rocas de la Antártida. En la actualidad se conocen unas 13.500 especies y se cree que resta por describir unas 6.000.
Solo necesitan para vivir luz, minerales y aire. Tienen una condición especial para tomar el agua del ambiente, son poiquilohídricos, es decir absorben el agua directamente a través de toda la superficie de su cuerpo. Son especialmente susceptibles a los tóxicos que se encuentran en el aire. Por esta última característica se los considera indicadores ambientales muy buenos para determinar los niveles de smog en las ciudades.
Cerca del 50% de las especies el ficobionte es un hongo ascomicete.
Hay tres tipos de líquenes:
a)Incrustantes: aspecto de costra aplanada.
b)Foliosos: se asemejan a una hoja.
c)Fruticosos: son ramificados y erectos.
Fuentes:
CURTIS HELENE & BARNES N. S. 2003. Biología. sexta edición en español. Ed. Médica Panamericana.
Hipertextos de Biología. UNNE.
http://www.biologia.edu.ar/biodiversidad/6reinos.htm
viernes, 23 de enero de 2009
Diversidad de los distintos reinos de la vida
El planeta Tierra hasta el momento se sigue distinguiendo de los otros planetas del Sistema Solar por ser el único donde hay vida. A lo largo de millones de años de evolución, los seres vivos se han adaptado a los diversos ambientes que hay en la Tierra y han dado lugar a una gran diversidad de formas de vida. Año tras año se descubren nuevas especies: hasta el momento se tienen registrados cerca de 2 millones. Sin embargo, algunos investigadores han calculado que este número puede ser mayor: unos estiman que existen cerca de 10 millones de especies y otros calculan incluso que el número asciende a los 100 millones.
La diversidad de la vida sobre la Tierra está comprendida dentro de ciertas categorías, las cuales varían según los autores y las épocas en que se consulta. Hay varios tipos de clasificaciones y jerarquías, pero haciendo un consenso hay tres grandes Dominios:
(click sobre la imagen para agrandarla)DOMINIO ARCHAEA: comprendido por el reino Archaebacteria.
Reino Archaebacteria: posee actualmente un número aproximado de 200 especies. Es un reino de organismos bacterianos escasamente conocidos y viven en ambientes extremos.
DOMINIO BACTERIA: comprendido por el reino Monera.
Reino Monera: está constituido en la actualidad por aproximadamente unas 80 000 especies.
DOMINIO EUCARIOTA: comprendido por los reinos Protista, Fungi, Plantae y Animalia.
Reino Protista: posee en la actualidad aproximadamente unas 80.000 especies descriptas.
Reino Fungi: posee un número estimado de 71.000 especies descriptas.
Reino Plantae o Vegetal: hasta el momento posee un número descrito de 260.000 especies.
Reino Animalia o Metazoa: en la actualidad se estiman en 1.500.000 el número de especies descriptas (el 95% son invertebrados).
Fuentes:
CURTIS HELENE & BARNES N. S. 2003. Biología. sexta edición en español. Ed. Médica Panamericana.
FUNDACIÓN VIDA SILVESTRE ARGENTINA & FONDO MUNDIAL PARA LA NATURALEZA. 1993. El gran libro de la naturaleza Argentina. Ed. Atlántida.
HICKMAN CLEVELAND, P., ROBERTS L. S. & HICKMAN F. M. 1990. Zoología. principios integrales. Octava edición. Ed. Interamericana. Mc Graw Hill.
POUGH HARVEY, F., JANIS C. M. & HEISER J. B. 1999. Vertebrate life. Fifth edition. Ed. Prentice Hall.
SISTEMA DE INFORMACIÓN DE BIODIVERSIDAD
International Code of Botanical Nomenclature
INTERNATIONAL UNION FOR CONSERVATION OF NATURE AND NATURAL RESOURCES
Hipertextos de Biología. UNNE
ECOLOGÍA
AMBIENTUM
martes, 16 de diciembre de 2008
En lagunas de la puna hallaron un hábitat similar al del origen de la vida en la Tierra.
Descubrimiento
Las investigaciones de becarios del Conicet, dirigidas por una bióloga tucumana, se llevan a cabo a más de 4.000 metros de altura.
A más de 4.000 metros de altura sobre el nivel del mar, donde casi no hay vegetación, donde las temperaturas llegan hasta -20º C y los vientos soplan a 40 kilómetros por hora, un grupo de investigadores tucumanos estudia los microorganismos en algunas de las decenas de lagunas del altiplano, en la región cordillerana.
Con un laboratorio inédito, por las condiciones ambientales del lugar, el equipo que dirige la doctora en Biología María Eugenia Farías, investiga las características de bacterias de gran valor biotecnológico.
Cinco becarios del Conicet y Farías, investigadora adjunta con base en el Centro Científico de Tucumán (CCT), se aventuran en camionetas 4x4 por la zona norte de los Andes para llegar a sitios de difícil acceso.
A los fines de la investigación armaron un cepario, es decir, una colección de cultivos de bacterias que viven en condiciones extremas. Costosas heladeras albergan más de 200 bacterias, que constituyen un libro abierto para los científicos interesados en la aplicación biotecnológica.
Las primeras investigaciones se llevaron a cabo en la laguna de Pozuelos (Jujuy), a 3.000 metros de altura. Pero estuvieron en condiciones más extremas en el salar de Laguna Verde (Catamarca), a 4.400 metros, y en el salar de Laguna Vilama (Jujuy), a 4.600 metros. Sus próximos destinos son Laguna Brava (La Rioja), y Laguna Diamante, dentro de un volcán en Catamarca.
Ventana de los tiempos
“Estas lagunas son una ventana al pasado y al futuro. Al pasado, porque las condiciones extremas de alta radiación de UV (rayos ultravioletas), la baja presión de oxígeno y la baja concentración de nutrientes, especialmente de fósforo, hacen que se parezcan mucho a la Tierra en el inicio de la vida, cuando no había capa de ozono”, contó Farías.
Uno de los importantes hallazgos en estos depósitos de agua, fue la de “estromatolitos”. “Son algas primitivas que liberan oxígeno a la atmósfera y crean la capa de ozono. Esta misma acción permitió que se desarrollara la vida tal como la conocemos hoy. Se pueden encontrar en pocos puntos del mundo, como en el parque Yellowstone, en Estados Unidos, en Australia y en México”, informó Farías. “También son una ventana al futuro porque estos ambientes son muy parecidos a la superficie de Marte. Tienen elevada radiación UV, cambios bruscos de temperatura y baja disponibilidad de agua. Son ambientes ideales para el estudio de la astrobiología, que es la prospección de vida en Marte”, detalló la científica.
Publicación prestigiosa
De tal importancia es el relevamiento que llevan a cabo que, por segunda vez, los resultados de sus trabajos han sido tapa de la revista “Applied and enviromental microbiology”, una publicación de la Sociedad Americana de Microbiología que es material de referencia para científicos de todo el mundo.
Fuente: Conicet en los Medios
domingo, 19 de octubre de 2008
La vida en las aguas
A los ambientes acuáticos podemos subdividirlos en aguas continentales (dentro de los continentes emergidos) y en aguas marinas. Los océanos constituyen aproximadamente el 97 % del total de la superficie terrestre por lo que, la mayor proporción de la biosfera desde ya que consiste en ambientes acuáticos. Si el agua de los mares representa esa porción del total de agua de todo el planeta Tierra, el agua dulce continental presenta mucho menos espacio físico para el desarrollo de la vida (fig. 2).
Fig. 2. Porcentajes representativos del total de agua en la Tierra.
Los ambientes marinos que podemos encontrar son: los océanos y litorales marítimos. Dentro de esta gran división hay muchos hábitats diferentes con formas de vida asociadas.
Los océanos cubren casi las tres cuartas partes de la superficie de la Tierra. Los océanos tienen una profundidad media de unos 3km., y excepto por una pequeña parte, es en general frío y oscuro. Solo una parte aun menor posee la irradiación solar suficiente para que se encuentren organismos fotosintéticos. Debido a esto la mayor parte del volumen de los océanos es ocupado por bacterias, hongos y animales.
Podemos diferenciar la vida en dos grandes grupos:
• Los de vida pelágica: son aquellos organismos de flotación libre. El principal componente es el plancton por ejemplo algas, protistas, crustáceos, formas larvales de invertebrados y vertebrados como peces.
• Los de vida bentónica: son aquellos organismos habitantes de los fondos. Son animales sésiles como esponjas de mar, anémonas, almejas, también animales móviles como pepinos de mar, estrellas de mar, crustáceos y peces.
En las aguas continentales diferenciamos dos grandes grupos:
• Ambientes lóticos: son los cuerpos de agua dulce continentales que tienen un nacimiento, con corrientes y terminan por lo general lejos de su origen. La distribución de las formas de vida en estos cuerpos de agua se da con grandes variaciones a lo largo del eje longitudinal, es decir desde su nacimiento hasta su desembocadura. Son los ríos, arroyos, torrentes y manantiales.
• Ambientes lénticos o leníticos: son los cuerpos de agua dulce continentales estancados. La distribución de las formas de vida en estos cuerpos de agua se da con grandes variaciones a lo largo del eje vertical, es decir de la superficie a las profundidades. Son los lagos, lagunas, etc.
Los ambientes de aguas continentales comprenden:
1. Lagos: caracterizados por su profundidad, no por su tamaño. La profundidad de estos cuerpos de agua les da una estratificación térmica particular en la columna de agua. Son cuerpos de agua permanentes y poseen sedimentos propios.
2. Lagunas: están caracterizadas por una estratificación térmica efímera o inexistente, cambiante durante el día. Son cuerpos de agua permanentes y poseen sedimentos propios.
3. Esteros: caracterizados por una gran cantidad de vegetación palustre que da un suelo orgánico característico llamado “histosol” (diferenciándolo del suelo seco que lo rodea), y que le da propiedades químicas distintivas al agua. Son ambientes permanentes o semipermanentes. Incluirían a los pantanos y turberas.
4. Bañados: son ambientes permanentes y semipermanentes, en los que el suelo no se diferencia del que rodea al cuerpo de agua.
5. Charcas: son ambientes que pasan un período del año con agua y otro período seco. Alimentado por lluvias (pluvial) o por ríos (fluvial).
6. Ríos: es el cauce + la planicie de inundación del río. La planicie se considera hasta la máxima invasión registrada.
7. Arroyos: ídem ríos. Se diferencia de los ríos solo por el caudal (cantidad de agua que pasa por determinado, punto en determinado tiempo).
8. Torrentes: son corrientes de aguas productos de muchas lluvias o deshielos.
9. Manantiales: es una fuente natural de agua que brota de la tierra o entre las rocas. Puede ser permanente o temporal. Se origina en la filtración de agua de lluvia que penetra en un área y emerge en otra de menor altitud.
10. Hielos y casquetes polares: no son ambientes estrictamente hablando, pero contienen agua dulce en gran cantidad.
Una observación contundente de la distribución de la vida en el agua, es que el agua dulce en estado líquido es una ínfima parte del total del agua de la Tierra, sin embargo, se ha generado allí a lo largo de la evolución una gran diversidad de formas de vida.
Fuentes
• CURTIS HELENE & BARNES N. S. 2003. Biología. sexta edición en español. Ed. Médica Panamericana.
• GEOLOGÍA GENERAL.
http://plata.uda.cl/minas/apuntes/Geologia/geologiageneral/ggcap05c.htm
• Hipertextos de Biología. UNNE.
http://www.biologia.edu.ar/ecologia/FUNCIONAM%20DE%20UN%20ECOSISTEMA.htm
• INTERNATIONAL UNION FOR CONSERVATION OF NATURE AND NATURAL RESOURCES.
http://cms.iucn.org/
• CIENCIAS DE LA TIERRA Y DEL MEDIO AMBIENTE.
http://www.tecnun.es/asignaturas/ecologia/Hipertexto/04Ecosis/100Ecosis.htm
• DEFINICIONES DEL CRICYT.
www.cricyt.edu.ar/enciclopedia/terminos/Ecosistema.htm
• ECO PORTAL.NET. EL DIRECTORIOECOLÓGICO Y NATURAL.
http://www.ecoportal.net/
• ECOLOGÍA.
http://www.geocities.com/RainForest/Canopy/7800/es-biosfera.html
martes, 30 de septiembre de 2008
Tiempos o Eras Geológicas
Generalidades de cada eon / período geológico.
Eones Archeano y Hadeano. 4600 m.a. atrás.
◦ Formación de la Tierra.
◦ Bombardeo constante de meteoritos.
◦ 3.8 billones se forma la hidrósfera. La atmósfera no poseía oxígeno libre disponible.
Solo existían organismos primitivos (bacterias anaeróbicas) a fines de este Eon.
◦ Continentes eran de pequeño tamaño.
Eon Proterozoico. 2500 m.a. atrás.
◦ Se forman las masas continentales.
◦ El oxígeno aparece libre en la atmósfera por el surgimiento de algas hace 1500 m.a.
◦ Los primeros animales primitivos aparecen hace aprox. 600 m.a.
Eon Fanerozoico. 545 m.a. – al presente.
◦ Cámbrico: Se diversifican la cantidad de especies de artrópodos como los trilobites. Por la dispersión de los continentes aparecen especies con corazas protectoras. A fines de este período se cree que aparecen los primeros vertebrados.
◦ Ordovícico: Se originan mares someros cerca de los continentes. Los primeros vegetales complejos terrestres aparecen en este período. Gran radiación de especies de peces marinos.
◦ Silúrico: Los mares someros siguen siendo muy comunes y aparecen las primeras plantas vasculares (Pteridofitos, helechos). Aparecen peces mandibulados similares a tiburones.
◦ Devónico: Se levantan las principales cordilleras de N. América y Europa. En tierra se acumula más agua dulce, se forman los primeros bosques y se diversifican los artrópodos. Los peces salen de los mares someros y conquistan la tierra. Aparecen los tetrápodos ancestros de los anfibios.
◦ Carbonífero: Los pantanos son comunes. Aparecen los insectos voladores. Los peces siguen diversificándose en peces óseos. Aparecen los ancestros de los reptiles.
◦ Pérmico: Se caracteriza por tener un solo continente: Pangea. Decae la dominancia de la tierra por parte de los anfibios primitivos y van ganando espacio los ancestros de los reptiles y mamíferos actuales. Gran extinción masiva.
Escala de tiempos geológicos (hacer click en la imagen).
◦ Triásico: Casi no hay mares someros. La vegetación terrestre fue reemplazada por las coníferas. Se diversificaron los reptiles ancestros de los dinosaurios y decayeron aquellos que evolucionaron en los mamíferos. A fines de este período aparecen: verdaderos mamíferos, dinosaurios, pterosaurios, reptiles marinos, peces óseos, y anfibios similares a ranas.
◦ Jurásico: Comienza a formarse el océano Atlántico. Los continentes se van separando. Se diversifican los reptiles marinos, los invertebrados marinos, tiburones y rayas. Los dinosaurios se diversifican enormemente en la tierra. Los mamíferos son pequeños y poco diversificados. Aparecen a fines de este período aves, salamandras, y lagartijas.
◦ Cretácico: Se fraccionan los continentes. Aparecen las Angiospermas (plantas con flores) quienes pronto dominan la tierra. Se diversifican los mamíferos pero dominan aún la tierra los dinosaurios. Las aves y los Pterosaurios a través del vuelo comparten los cielos. Gran extinción masiva.
◦ Terciario:
Paleogeno: Los continentes ya tienen casi su disposición actual. Se comienza a formar la capa de hielo en la Antártida. Los mamíferos se diversificaron y ocuparon los nichos ecológicos dejados por los dinosaurios. Muchos mamíferos y aves evolucionaron en formas muy grandes.
Neogeno: Se forma la capa de hielo en el Ártico. Se unen los bloques continentales del norte y sur de América por el Istmo de Panamá. Aparecen las aves y mamíferos modernos (junto con los mamíferos marinos). Los primeros homínidos se ven al final de este intervalo.
◦ Cuaternario: Los homínidos alcanzan el viejo mundo en sucesivas migraciones y a finales de este período llegan a América. Se suceden en todo el mundo numerosas extinciones de grandes mamíferos de sabanas y de las grandes aves predadoras.
jueves, 19 de julio de 2007
Ciclo de Krebs - Ciclo de Respiración Celular
En la respiración celular que se produce en las mitocondrias hay dos etapas:
- Ciclo de krebs.
- Transporte de electrones.
El ciclo de Krebs tiene lugar en la matriz mitocondrial en eucariotas y en el citoplasma de procariotas. El ciclo de Krebs (también llamado ciclo del ácido cítrico o ciclo de los ácidos tricarboxílicos) es una serie de reacciones químicas de gran importancia, que forman parte de la respiración celular en todas las células aerobias, es decir que utilizan oxígeno. En organismos aeróbicos el ciclo de Krebs es parte de la vía catabólica que realiza la oxidación de hidratos de carbono, ácidos grasos y aminoácidos hasta producir CO2 y agua, liberando energía en forma utilizable (poder reductor y ATP). El metabolismo oxidativo de hidratos de carbono, grasas y proteínas frecuentemente se divide en tres etapas, de las cuales el ciclo de Krebs supone la segunda. En la primera etapa los carbonos de estas macromoléculas dan lugar a moléculas de acetil-CoA de dos carbonos, e incluye las vías catabólicas de aminoácidos, la beta oxidación de ácidos grasos y la glucolisis. La tercera etapa es la fosforilación oxidativa, en la cual el poder reductor (NADH y FADH2) generado se emplea para la síntesis de ATP según la teoría del acomplamiento quimiosmótico.
El ciclo de Krebs también proporciona precursores para muchas biomoléculas tales como ciertos aminoácidos. Por ello se considera una vía anfibólica, es decir, catabólica y anabólica al mismo tiempo.
Visión simplificada del proceso (Ver Gráfico)
- El proceso comienza con la oxidación del piruvato, produciendo un acetil-CoA y un CO2.
- El acetil-CoA reacciona con una molécula de oxaloacetato (4 carbonos) para formar citrato (6 carbonos), mediante una reacción de condensación.
- A través de una serie de reacciones el citrato se convierte en oxaloacetato. El ciclo consume netamente 1 acetil-CoA y produce 2 CO2. También consume 3 NAD+ y 1 FAD, produciendo 3NADH y 3H+ y 1 FADH+.
- El resultado de un ciclo es (por cada molécula de acetil-CoA): 1 ATP, 3 NADH, 1 FADH2, 2CO2
- Cada molécula de glucosa produce (vía glucolisis) dos moléculas de piruvato, que a su vez producen dos acetil-CoA, por lo que por cada molécula de glucosa en el ciclo de Krebs se produce: 2 ATP, 6 NADH, 2 FADH2, 4CO2.
Datos Accesorios
Sir Hans Adolf Krebs fue quien propuso los elementos clave de esta vía en 1937. Krebs estaba estudiando el consumo de oxígeno en músculo pectoral de paloma, un tejido con alta tasa de respiración, y realizó varias observaciones de gran relevancia. En primer lugar, el citrato, el isocitrato y el cis-aconitato estimulaban la oxidación de piruvato y el consumo de O2, en cantidad desproporcionada respecto a las cantidades añadidas. En segundo lugar, empleando malonato (inhibidor de la succinato deshidrogenasa), lograba bloquear la oxidación del piruvato, lo que indicaba su participación en la vía. Además, observó que las células tratadas con malonato acumulaban citrato, succinato y α-cetoglutarato, lo cual sugería que citrato y α-cetoglutarato eran precursores del succinato. En tercer lugar, la administración al tejido de piruvato y oxaloacetato provocaba la acumulación de citrato en el músculo, lo que indicaba que son precursores del citrato. En base a estas observaciones experimentales Hans Krebs propuso una ruta cíclica y su secuencia de reacciones. Este esquema inicial, con ciertas modificaciones, dio lugar al ciclo de Krebs tal y como hoy lo conocemos.
Hans Adolf Krebs fue galardonado con el Premio Nobel de Fisiología y Medicina en 1953, compartido con Fritz Lipmann (descubridor del coenzima A).
sábado, 14 de julio de 2007
Estructura de una célula eucariota : Organélas Citoplasmáticas
Estructura de una célula eucariota.
Las células eucariotas o eucarioticas, están formadas por diferentes orgánulos que desarrollan diversas funciones como son: Nucléolo, Núcleo celular, Ribosoma, Vesículas de secreción, Retículo endoplasmático rugoso, Aparato de Golgi, Citoesqueleto, Retículo endoplasmático liso, Mitocondrias, Vacuolas, Citoplasma, Lisosomas, Centríolos (solo en la célula animal), Membrana citoplasmática, Cloroplastos (Solo en la célula vegetal y de las algas), Pared celular (Solo en la célula vegetal, de hongos y protistas).
Diferencias entre la Célula Animal Y Vegetal
* Caracteríasticas de la Célula Animal
1. No tiene pared celular y tienen diversas formas de acuerdo con su función.
2. No tiene cloroplastos a diferencia de las células vegetales.
3. Puede tener vacuolas, pero no son muy grandes.
4. Presenta centriolos: Agregado de microtúbulos cilíndricos que forman los cilios y los flagelos. Estos facilitan la división celular en células animales.
Célula Animal. (Fig. 1)
* Caracteríasticas de la Célula Vegetal.
1. Presentan una pared celular, más dura que una membrana plasmática normal y da mayor consistencia a la célula.
2. Disponen de plastos: cloroplastos(Orgánulo capaz de realizar la fotosíntesis: la transformación de energía química en materia orgánica), cromoplastos, leucoplastos (Orgánulos que acumulan almidón fabricado en la fotosíntesis).
3. Vacuolas de gran tamaño: Acumulan sustancias de reserva o de desecho producidos por el metabolismo célular.
Célula Vegetal. (Fig. 2)
viernes, 22 de junio de 2007
Definición del término "VIDA"
Definición de vida orgánica
La vida es parte integral del universo, por ello buscar definiciones de la vida como un fenómeno individualizado y caracterizado, es tan difícil (algunos dirían que inútil) como la búsqueda de la localización del alma humana. No hay una respuesta simple a la cuestión de "¿qué es la vida?" que no incluya algún límite arbitrario. Sin ese límite, o nada está vivo, o todo lo está.
La materia viva llamada también materia orgánica, se puede decir en forma general que esta formada principalmente por carbono, hidrógeno, oxigeno y nitrógeno. Con otras "cosas" es mas difícil encontrar el límite. Pese a su diversidad, los organismos que pueblan este planeta comparten una serie de características que los distinguen de los objetos inanimados. La vida sería muy difícil definirla si no la relacionamos con las funciones y características que presentan los seres vivos. Propiedades comunes a todos los seres vivos:
1. Organización y Complejidad:
Implica la llamada "Teoría Celular", según la cual en todos los seres vivos existen niveles jerárquicos de organización. En otras palabras, átomos =forman=> moléculas =forman=> organelas celulares =forman=> una célula /s (aquí ya hay un organismo unicelular) =forman=> tejidos =forman=> órganos =forman=> aparatos y sistemas =forman=> un organismo multicelular.
Así en este orden de complejidad de menor a mayor números de estructuras formadas se puede hablar si un organismo es de mayor de menor nivel de organización y complejidad.
2. Crecimiento y desarrollo:
3. Metabolismo:
4. Homeostasis:
5. Irritabilidad:
6. Reproducción y herencia:
