martes, 21 de septiembre de 2010

PAST: Software estadístico para biólogos

Introducción
Comienzo una nueva sección con software para Biología. Les cuento que tengo instalado Ubuntu con Wubi y necesito usar software estadístico y de GIS (uso gvSIG). A pesar de que muchas veces estuve tentado de dejar Windows, nunca dí el gran salto. Muchas veces no nos pasamos completamente a Linux por el miedo de no conseguir programas equivalentes para lograr los ciertos objetivos o tareas a realizar. Tengo una gran traba en este sentido, no quiero aprender a usar software R, porque personalmente me resulta muy complejo y engorroso entre otras cosas. En Wubi pude instalar en R Commander y algo pude utilizarlo, hasta que por ciertas cosas conocí el software PAST.
PAST es un programa en versión portable y GRATUITO, pero solo para plataforma Windows. está diseñado por paleontólogos y es para biólogos en general. Les paso las características tal cual su homepage (evito traducir porque puedo tener errores y el software está en inglés).

Características
PAST is a free, easy-to-use data analysis package originally aimed at paleontology but now also popular in many other fields. It includes common statistical, plotting and modelling functions:
# A spreadsheet-type data entry form
# Both interactive user interface and scripting
# Graph, scatter, 3D scatter, bubble, histogram, kernel density estimation, box, percentile, ternary, survivorship, spindle, matrix, surface and normal probability plots
# Curve fitting: Linear (ordinary least squares, Reduced Major Axis, Major Axis, robust) with bootstrapping and permutation, lin-log (exponential), log-log (allometric), polynomial, logistic, von Bertalanffy, sum-of-sines, smoothing splines, LOESS smoothing, Gaussian (species packing), multiple regression.
# F, t, permutation t, Chi-squared w. permutation test, Fisher's exact, Kolmogorov-Smirnov, Mann-Whitney, Shapiro-Wilk, Jarque-Bera, Spearman's Rho and Kendall's Tau tests with permutation, correlation, covariance, contingency tables, one-way and two-way ANOVA, one-way ANCOVA, Kruskal-Wallis test, sign test, Wilcoxon signed rank test with permutation, Fligner-Killeen test for coefficients of variation, mixture analysis, survival analysis (Kaplan-Meier curves, logrank and other tests), risk difference/risk ratio/odds ratio with tests.
# Diversity indices with bootstrapping and permutation, individual- and sample-based rarefaction. Capture-recapture richness estimators. Renyi diversity profiles, SHE analysis, beta diversity.
# Abundance model fitting: Geometric, log-series, log-normal, broken stick.
# Multivariate statistics: Principal Components (with Minimal Spanning Tree, bootstrapping etc.), Principal Coordinates (19 distance measures), Non-metric Multidimensional Scaling (19 distance measures), Detrended Correspondence Analysis, Canonical Correspondence Analysis, Cluster analysis (UPGMA, single linkage, Ward's method and neighbour joining, 19 distance measures, two-way clustering, bootstrapping), k-means clustering, seriation, discriminant analysis, one-way MANOVA, one-way and two-way ANOSIM, one-way NPMANOVA, Hotelling's T2, paired Hotelling's T2, Mahalanobis-distance permutation, Mardia's multivariate normality, Box's M, Canonical Variates Analysis, multivariate allometry with bootstrapping, Mantel test, SIMPER, Imbrie & Kipp factor analysis, Modern Analog Technique, two-block Partial Least Squares.
# Time series analysis: Spectral analysis, REDFIT, autocorrelation, cross-correlation, wavelet transform, Walsh transform, runs test, Markov chains. Mantel correlogram and periodogram. ARMA, Box-Jenkins intervention analysis. Point events analysis. Solar forcing model.
# Geometrical analysis: Directional statistics (Rayleigh, Rao, chi-squared, Watson-Williams, circular kernel density estimation, angular mean with CI, rose plots, circular correlation), kernel density estimation of point density, point distribution statistics (nearest neighbour and Ripley's K), coordinate transformations (WGS84, UTM etc.), Fourier shape analysis, elliptic Fourier shape analysis, eigenshapes, landmark analysis with Bookstein and Procrustes fitting (2D and 3D), thin-plate spline transformation grids with expansions and principal strains, partial warps and scores, relative warps and scores, centroid size from landmarks, size removal by Burnaby's method.
# Parsimony analysis (cladistics): Exhaustive, branch-and-bound and heuristic algorithms, Wagner, Fitch and Dollo characters. Bootstrap, strict and majority rule consensus trees. Consistency and retention indices. Three stratigraphic congruency indices with permutation tests. Cladograms and phylograms.
# Biostratigraphy with the methods of Unitary Associations, Ranking-Scaling (RASC), Appearence Event Ordination and Constrained Optimization (CONOP). Confidence intervals on stratigraphic ranges.
# Gridding (spatial interpolation): Moving average, thin-plate spline and kriging with three semivariogram models.
Included in the distribution are real data sets for educational use, together with extensive documentation and case studies.
PAST has been tested under Windows 95, 98, 2000, NT 4, XP and Vista.

Para un uso más sencillo uní los pdf en un único manual de usuario. Descargar Manual
No pude encontrar como instalarlo en Ubuntu por ningún lado. ¿Qué hice? Probé con Wine y funcionó!!

Pasos
1) Instalar Wine por terminal
sudo apt-get install wine

2) Configurar Wine
sudo winecfg

3) Descargar el .exe de PAST
http://www.nhm.uio.no/norges/past/download.html

4) Ir a Aplicaciones > Wine > Desinstala software de Wine > Dar instalar > buscar el Past.exe descargado. Listo!!

5) Crear un lanzador de escritorio para no tener que abrir siempre como paso 4)
Botón derecho > crear un lanzador > Nombre: PAST > Comando: (acá agregás wine + localización del Past.exe. Lo hacés así: sobre Past.exe > botón derecho > copiar > pegar en un .txt y tenés la ubicación!!) ejemplo: wine /home/xxxusuarioxxx/Descargas/Past.exe
Después corté la imagen del manual y la usé de ícono para el lanzador.

6) En Windows hacer doble click sobre Past.exe para usarlo.

PD. Espero que no se roben este post. No encontré en ningún lugar indicación alguna de como se usa en Linux!


Imágenes de como queda en Ubuntu 10.04

Fuentes:
http://folk.uio.no/ohammer/past/

12 comentarios:

Ana dijo...

Qué bueno que puedas ofrecer a la gente este paso a paso. Es altamente valorable.
TE felicito!
Ana

Zulma dijo...

Muuuy bueno!! no lo conocía y es muy fácil de usar. Te felicito y agradezco.

Anónimo dijo...

Hola, no sirve el link de descarga del manual, podrías arreglarlo?
Gracias

Pablo dijo...

GRACIAS!!! La primera vez que me sirve para algo el wine!!! :)

Pablo dijo...

GRACIAS!!!! La pprimera vez que me sirve para algo el Wine!!! :)

Ignacio dijo...

Ya está cambiado el link del Manual. Saludos!!

Edgar David Poblete Niño dijo...

Amigo esta muy bueno la verdad, pero una consulta, espero puedas respondermela, yo tengo un investigacion en la que tengo como datos en las filas las familias de macroinvertebrados y en las columnas las estaciones de muestreo, en cada casillero va la cantidad de individuos de determinada familia que se encontro en tal o cual estacion de muestreo. Hay estaciones donde no se encontro ningun (osea es 0) individuo de "tal" familia. Yo deseo sacar mi indice de diversidad de shanon y simpson pero me sale una ventana donde me dice que las columnas no pueden contener "ceros" entonces como haria?

Mirtha dijo...

Saben si existe el PAST en versión para MAC?

Mirtha Alfaro dijo...

Existe una version de PAST par MAC?

Anónimo dijo...

Para la versión MAC aún estan trabajando, pero saldra pronto PAST3, para windows ya esta lista pero aún faltan algunas aplicaciones.

para las personas que desean trabajar con indices, lo recomendado es ir a ediciones, sombrear los datos y hacer un transpose, donde tus columnas se pasan a filas y vice versa, luego lo sombreas de nuevo y te vas a diversidad y aplicas indices de diversidad y tendrás los resultados con diferentes indices.

AF dijo...

Hola Hace poco descargue el PAST Ver 3, para hacer anova o kruscal wallis, como se ingresan los datos, es decir las variables van en las columnas o en las filas? gracias

AF dijo...

Hola, acabo de descargas el PAST ver 3, para hacer anova o kruskal wallis, las variables van en las filas o en las columnas? gracias