PAST: Software estadístico para biólogos

Introducción
Comienzo una nueva sección con software para Biología. Les cuento que tengo instalado Ubuntu con Wubi y necesito usar software estadístico y de GIS (uso gvSIG). A pesar de que muchas veces estuve tentado de dejar Windows, nunca dí el gran salto. Muchas veces no nos pasamos completamente a Linux por el miedo de no conseguir programas equivalentes para lograr los ciertos objetivos o tareas a realizar. Tengo una gran traba en este sentido, no quiero aprender a usar software R, porque personalmente me resulta muy complejo y engorroso entre otras cosas. En Wubi pude instalar en R Commander y algo pude utilizarlo, hasta que por ciertas cosas conocí el software PAST.
PAST es un programa en versión portable y GRATUITO, pero solo para plataforma Windows. está diseñado por paleontólogos y es para biólogos en general. Les paso las características tal cual su homepage (evito traducir porque puedo tener errores y el software está en inglés).

Características
PAST is a free, easy-to-use data analysis package originally aimed at paleontology but now also popular in many other fields. It includes common statistical, plotting and modelling functions:
# A spreadsheet-type data entry form
# Both interactive user interface and scripting
# Graph, scatter, 3D scatter, bubble, histogram, kernel density estimation, box, percentile, ternary, survivorship, spindle, matrix, surface and normal probability plots
# Curve fitting: Linear (ordinary least squares, Reduced Major Axis, Major Axis, robust) with bootstrapping and permutation, lin-log (exponential), log-log (allometric), polynomial, logistic, von Bertalanffy, sum-of-sines, smoothing splines, LOESS smoothing, Gaussian (species packing), multiple regression.
# F, t, permutation t, Chi-squared w. permutation test, Fisher's exact, Kolmogorov-Smirnov, Mann-Whitney, Shapiro-Wilk, Jarque-Bera, Spearman's Rho and Kendall's Tau tests with permutation, correlation, covariance, contingency tables, one-way and two-way ANOVA, one-way ANCOVA, Kruskal-Wallis test, sign test, Wilcoxon signed rank test with permutation, Fligner-Killeen test for coefficients of variation, mixture analysis, survival analysis (Kaplan-Meier curves, logrank and other tests), risk difference/risk ratio/odds ratio with tests.
# Diversity indices with bootstrapping and permutation, individual- and sample-based rarefaction. Capture-recapture richness estimators. Renyi diversity profiles, SHE analysis, beta diversity.
# Abundance model fitting: Geometric, log-series, log-normal, broken stick.
# Multivariate statistics: Principal Components (with Minimal Spanning Tree, bootstrapping etc.), Principal Coordinates (19 distance measures), Non-metric Multidimensional Scaling (19 distance measures), Detrended Correspondence Analysis, Canonical Correspondence Analysis, Cluster analysis (UPGMA, single linkage, Ward's method and neighbour joining, 19 distance measures, two-way clustering, bootstrapping), k-means clustering, seriation, discriminant analysis, one-way MANOVA, one-way and two-way ANOSIM, one-way NPMANOVA, Hotelling's T2, paired Hotelling's T2, Mahalanobis-distance permutation, Mardia's multivariate normality, Box's M, Canonical Variates Analysis, multivariate allometry with bootstrapping, Mantel test, SIMPER, Imbrie & Kipp factor analysis, Modern Analog Technique, two-block Partial Least Squares.
# Time series analysis: Spectral analysis, REDFIT, autocorrelation, cross-correlation, wavelet transform, Walsh transform, runs test, Markov chains. Mantel correlogram and periodogram. ARMA, Box-Jenkins intervention analysis. Point events analysis. Solar forcing model.
# Geometrical analysis: Directional statistics (Rayleigh, Rao, chi-squared, Watson-Williams, circular kernel density estimation, angular mean with CI, rose plots, circular correlation), kernel density estimation of point density, point distribution statistics (nearest neighbour and Ripley's K), coordinate transformations (WGS84, UTM etc.), Fourier shape analysis, elliptic Fourier shape analysis, eigenshapes, landmark analysis with Bookstein and Procrustes fitting (2D and 3D), thin-plate spline transformation grids with expansions and principal strains, partial warps and scores, relative warps and scores, centroid size from landmarks, size removal by Burnaby's method.
# Parsimony analysis (cladistics): Exhaustive, branch-and-bound and heuristic algorithms, Wagner, Fitch and Dollo characters. Bootstrap, strict and majority rule consensus trees. Consistency and retention indices. Three stratigraphic congruency indices with permutation tests. Cladograms and phylograms.
# Biostratigraphy with the methods of Unitary Associations, Ranking-Scaling (RASC), Appearence Event Ordination and Constrained Optimization (CONOP). Confidence intervals on stratigraphic ranges.
# Gridding (spatial interpolation): Moving average, thin-plate spline and kriging with three semivariogram models.
Included in the distribution are real data sets for educational use, together with extensive documentation and case studies.
PAST has been tested under Windows 95, 98, 2000, NT 4, XP and Vista.

Para un uso más sencillo uní los pdf en un único manual de usuario. Descargar Manual
No pude encontrar como instalarlo en Ubuntu por ningún lado. ¿Qué hice? Probé con Wine y funcionó!!

Pasos
1) Instalar Wine por terminal
sudo apt-get install wine

2) Configurar Wine
sudo winecfg

3) Descargar el .exe de PAST
http://www.nhm.uio.no/norges/past/download.html

4) Ir a Aplicaciones > Wine > Desinstala software de Wine > Dar instalar > buscar el Past.exe descargado. Listo!!

5) Crear un lanzador de escritorio para no tener que abrir siempre como paso 4)
Botón derecho > crear un lanzador > Nombre: PAST > Comando: (acá agregás wine + localización del Past.exe. Lo hacés así: sobre Past.exe > botón derecho > copiar > pegar en un .txt y tenés la ubicación!!) ejemplo: wine /home/xxxusuarioxxx/Descargas/Past.exe
Después corté la imagen del manual y la usé de ícono para el lanzador.

6) En Windows hacer doble click sobre Past.exe para usarlo.

PD. Espero que no se roben este post. No encontré en ningún lugar indicación alguna de como se usa en Linux!


Imágenes de como queda en Ubuntu 10.04

Fuentes:
http://folk.uio.no/ohammer/past/

FUNCIONES VITALES DE LOS SERES VIVOS

Introducción

Si tratamos de pensar en una definición para las funciones vitales comunes entre todos los seres vivos, primero debemos definirlas para poder distinguir cada una de ellas. Las funciones vitales de los seres vivos son todas las funciones determinadas a mantener la vida, y esto es lo que diferencia la materia orgánica con vida de la materia sin vida. Las tres funciones vitales más importantes son:

1. Reproducción
2. Nutrición
3. Relación
   

1. Reproducción

Es una de las características de la “materia viva”. Simplemente es la capacidad vital de generar un organismo semejante a sí mismo y así, lograr que su especie sobreviva a lo largo del tiempo. Dentro de los modos de reproducirse hay reproducción sexual y reproducción asexual.

Reproducción Sexual: en este tipo de reproducción intervienen dos individuos, los sexos masculino y femenino. En este tipo de reproducción intervienen las llamadas células sexuales o “gametas”. Para que ocurra la reproducción sexual tenemos que comprender otro término importante: fecundación. La fecundación es la unión de las células sexuales o gametas (óvulos y espermatozoides). La fecundación ocurre solamente en la reproducción sexual. La fecundación puede ser:

• Externa: las gametas en este tipo de fecundación se unen en el agua. Los huevos recién formados quedan en el agua.
• Interna: los espermatozoides tienen que ingresar al cuerpo de la hembra para que se unan las gametas.
  

También podemos aprender que los animales según como se reproduzcan tienen diferentes formas de tener sus crías. Hay animales que se los puede llamar ovíparos, que son aquellos en los que el desarrollo de las crías termina afuera del cuerpo de la madre. Mientras que por otro lados, hay animales vivíparos en los que el desarrollo de las crías se da por completo en el interior de la madre.

Reproducción Asexual: en la reproducción asexual no intervienen los sexos femenino ni masculino, sino que se reproducen los seres vivos a partir de sí mismos. Las distintas maneras de reproducirse para estos seres vivos son:

• Bipartición: Una célula se divide en dos y da dos células hijas.
• Fragmentación: Es la división en dos de un solo organismo para generar dos nuevos seres vivos.
• Brotación o gemación: Los nuevos organismos se van a formar a partir de “yemas” del cuerpo del progenitor o padre.
  

2. Nutrición

Esta función vital comprende todas las actividades por las cuales los seres vivos van a obtener la materia y la energía para vivir. Dentro de la nutrición como función vital, vamos a encontrar estos componentes:

• La alimentación: Este proceso en los vegetales ocurre con la elaboración propia de nutrientes (fotosíntesis). En los animales ocurre la incorporación de alimentos por diversos medios dependiendo del ambiente y el lugar en donde vivan. En estos dos grupos de seres vivos entonces vamos a encontrar los autótrofos (los vegetales) y los heterótrofos (los animales). Ver más abajo fotosíntesis paso a paso.
• La respiración: Es el proceso que realizan los seres vivos para obtener oxígeno. La respiración siempre tiene como finalidad la utilización del oxígeno combinado con el alimento para crear energía. Es decir, el producto final de la respiración es la elaboración de la energía. La respiración se divide en la respiración del organismo o ser vivo y en la respiración celular. Este último tipo de respiración es el que ocurre en las mitocondrias, y es el responsable de que cada una de las millones de nuestras células puedan respirar y obtener energía.
• La circulación: Es el transporte de sustancias a través del cuerpo. Los ejemplos más comunes de circulación es el sistema circulatorio. Este sistema es por donde viajan las sustancias que produce el ser vivo.
• La excreción: Es la eliminación de sustancias a través del cuerpo. En el ser humano eliminamos sustancias por medio de la orina y la materia fecal.
  

3. Relación

Es la capacidad que tienen los seres vivos de reaccionar ante estímulos o cambios del ambiente. Esta capacidad de percibir estímulos, está apoyada en los órganos de los sentidos los cuales están encargados de proveer la información al organismo.

ECORREGIONES DE LA ARGENTINA

Cada una de las ecorregiones tiene características que la hacen distinta a las demás, tanto en aspectos físicos como bióticos, sociales e históricos. A continuación se comentan los rasgos más representativos de cada una de las 18 ecorregiones de nuestro país.

(Click sobre la imagen para agrandarla. Tomar los números como referencias.)

1. Altos Andes
Se caracteriza por una cadena de cerros y laderas que están por encima de las planicies endorreicas de la puna. El clima es frío y con nieves eternas. Las lluvias son del orden de los 100 a 200 mm. Los suelos presentan un incipiente desarrollo. Predomina la vegetación graminosa o arbustiva, baja y rala, y especies rastreras o en cojín.

2. Puna
Presenta altiplanicie o laderas entre los 3.000 m (San Juan) y 4.500 m (Salta, Jujuy). El clima es frío y seco, con gran amplitud térmica. Las lluvias van desde los 400 mm al norte, hasta los 100 a 200 mm hacia el sur. Los suelos son de textura variable, con escaso desarrollo. La vegetación es de estepa arbustiva con matas dispersas pero también hay praderas arbustivas y de pastos.

3. Monte de sierras y bolsones
Es árida con amplia diversidad geológica y geomorfológica. Ocupa faldeos y valles intermontanos, y planicies de escasa pendiente que forman cuencas cerradas o semi cerradas. El clima es subtropical seco, con lluvias entre los 80 y 200 mm. Tiene cursos de a-gua temporarios y zonas de extinción de numerosas cuencas endorreicas. Los suelos mayormente son arenosos, pobres en materia orgánica y salinos. La vegetación es de estepa arbustiva alta, a veces muy abierta en aquellas zonas con suelos bien drenados y en faldeos.

4. Selva de las yungas
Presenta un paisaje de sierras Subandinas, con altitudes que varían entre 400 y 3.000 m. El clima es cálido húmedo a subhúmedo, con lluvias estivales de entre los 900 y 1.300 mm. A medida que aumenta la altitud se reconocen diferentes pisos de vegetación: a) selva pedemontana, b) selva montana, c) bosque montano y d) pastizales de altura. La fauna posee especies comunes con la selva paranaense y con la llanura chaqueña.

5. Chaco seco
Presenta un paisaje plano con suave pendiente hacia el este. El clima es subtropical cálido, con temperaturas máximas absolutas para el continente. Las precipitaciones son estivales y varían entre los 500 y 700 mm. Se reconocen cinco distritos en función de variaciones climáticas y geomorfológicas: a) Chaco de derrames y fluviales; b) Chaco semiárido; c) Chaco árido; d) Chaco Subhúmedo y e) Chaco serrano. Predominan los bosques xerófilos y según el distrito sabanas y pastizales.

6. Chaco húmedo
Es una región con pendiente muy suave donde predominan ambientes deprimidos. El clima es subtropical cálido, con lluvias estivales de entre los 750 y 1.300 mm. Posee un paisaje que ase-meja un mosaico de tierras altas con bosques acompañando el curso de los ríos y alternando con interfluvios bajos con pastizal, sabana y pajonal. La depresión del Iberá forma una sucesión de es-teros separados entre sí por extensos cordones arenosos. Posee una alta diversidad de especies palustres y fauna acuática asocia-da.

7. Selva paranaense
Presenta un paisaje en el cual el relieve y patrón de drenaje están dominados por una meseta basáltica, que alcanza altitudes de 700 m. El clima es cálido y húmedo, con lluvias de entre los 1.600 y 2.000 mm, distribuidas en todo el año. La vegetación es selvática, formada por 4 ó 5 estratos, y tiene la biodiversidad más alta del país con unas 3.000 plantas vasculares y 550 especies de aves.

8. Esteros del Iberá
Es una gran depresión originada por el antiguo cauce del río Paraná, alimentado por lluvias (1.200 mm anuales) y aportes freáticos. Tiene una extensa cobertura de suelos flotantes (embalsados), que dificultan el drenaje natural de la región hacia el río Corriente. Posee numerosas lagunas y algunas lomadas arenosas.

9. Campos y malezales
Está representada por pastizales de lomada o bajos, a menudo formando un paisaje de sabana en zonas de contacto con la selva paranaense. Los suelos son bien drenados (campos) o hidromórficos (malezales). Las lluvias son abundantes (1.500 mm anua-les).

10. Delta e islas del Paraná
Corresponde a los valles de inundación de los trayectos medios e inferiores de los río Paraná y Paraguay, e incluye al delta del Paraná. Posee un paisaje de islas bajas e inundables. La vegetación conforma bosques y arbustillos en las delgadas franjas ribereñas; pajonales y albardones en el interior de las islas y comunidades hidrófilas y acuáticas en la ribera de ríos y lagunas interiores.

11. Espinal
Posee un paisaje de llanura plana y suavemente ondulada, con suelos muy variables. El clima también es variable: cálido y húmedo en el norte, y templado y seco en el oeste y sur. Se reconocen tres sub-regiones: a) del ñandubay, b) de los algarrobos y c) de caldén. La vegetación está formada por bosques bajos xerófilos y sabanas, alternando con pastizales puros.

12. Pampa
Posee un paisaje de llanura que tiene su origen en el rellenado sedimentario de la fosa tectónica que se extiende hasta el Chaco. El clima es templado húmedo a sub-húmedo, con precipitaciones que varían entre los 600 y 1.100 mm anuales. La formación originaria es el pastizal templado, que forma diferentes comunidades de acuerdo a las características edáficas y geomorfológicas de cada lugar. Hoy se encuentra fuertemente modificada por el hombre y mayormente devenida en agroecosistemas.

13. Monte de llanuras y mesetas
Corresponde a la región más árida de la Argentina. Posee un paisaje de llanuras y extensas mesetas escalonadas. El clima es templado-árido con lluvias entre los 100 y 200 mm anuales y amplitudes térmicas marcadas. La vegetación es menos diversa hacia el sur, desapareciendo los cardonales y los algarrobos. La fauna es similar a la estepa patagónica.

14. Estepa patagónica
Posee un paisaje de mesetas y cañadones entre el Atlántico y la cordillera, con muy escasas lluvias (150-250 mm anuales), temperaturas frías y suelos pobremente estructurados, muy susceptibles de erosión. La vegetación es achaparrada, con arbustos en cojín, matas de coirones y arbustivas más desarrolladas en cañadones protegidos.

15. Bosques patagónicos
El clima es templado a frío y húmedo, con nevadas y lluvias invernales. Heladas durante casi todo el año y fuertes vientos característicos de las zonas de montaña. El relieve es abrupto y escarpado, con valles glaciares. Dominan los bosques semideciduos, y hacia el norte son más ricos en especies. En la Argentina se dan hasta los 4.000 mm de precipitaciones anuales en la costa occidental del lago Nahuel Huapi. Las máximas alturas se dan en Neuquén (3.700 m) y disminuyen hacia el sur. En los bosques pre-domina el género Nothofagus (lenga, coihue, ñire, raulí, roble pellín y guindo) y ciertas coníferas (como alerces y ciprés de la cordillera).

16. Islas del Atlántico Sur
Incluye las Malvinas, Georgias del Sur, Sándwich del Sur y otras islas subantárticas al norte de los 60° S. El clima es oceánico, frío y húmedo. La vegetación interior conforma praderas y estepas. No existe vegetación arbórea y hay una gran proliferación de plantas criptógamas (sin flores).

17. Mar Argentino
Incluye la totalidad del espacio marítimo correspondiente a la plataforma continental y el espacio marítimo antártico. Incluye las subregiones Litoral (costera, incluso hasta las playas, hasta los 200 m de profundidad), Oceánica Atlántica (con profundidades de hasta 1.300 m) y Oceánica Antártica.

18. Antártica
Incluye la península Antártica e islas al sur de los 60° S. El clima es frío (medias bajo cero), con hielo y nieve todo el año. El régimen lumínico es muy influenciado por la distancia de la órbita solar (no-ches prolongadas en invierno y días largos en verano). Sólo hay dos especies de plantas vasculares y algunos líquenes, musgos y algas.

Fuente: Textos tomados del poster publicado con la Editorial AZ.

¿La isla de San Andrés bajo las aguas?

Laura Plitt
BBC Mundo, Medio Ambiente

El 17% de San Andrés, una isla de Colombia situada en el Caribe, podría desaparecer dentro de 50 años a raíz del cambio climático.

Esto, al menos, es lo que señala un informe del gobierno colombiano que comenzó a difundirse para alertar a las autoridades costeras sobre el impacto que tendrá el cambio climático en el país.El documento indica que si el nivel del mar sube como predicen los estudios, entre 50 y 60 centímetros dentro de cinco décadas, unos 72 municipios de todo el país se verían amenazados de forma constante por el riesgo de mareas externas y alrededor de 4.900 kilómetros cuadrados de costa baja sufrirían inundaciones permanentes. "El país tiene que comenzar a pensar en estrategias de adaptación y el gobierno está en la obligación de alertar y tomar medidas", afirmó el vicepresidente colombiano Francisco Santos, quien desde hace dos meses recorre la costa del Caribe junto a Ricardo Lozano, director de Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales de Colombia (IDEAM), para identificar problemas y soluciones. El aumento del nivel del mar contamina también las aguas subterráneas de la isla.

Piloto

El aumento del nivel del mar no sólo provocará la pérdida de territorio en la isla de San Andrés, sino también, como le explicó Lozano a BBC Mundo, "la contaminación de las aguas subterráneas -que abastecen a toda la isla- con aguas salinas". Para adaptarse a las nuevas condiciones que impone el calentamiento global y que Lozano enfatiza "ya se está sintiendo en Colombia", se ha desarrollado en la isla un proyecto piloto dirigido por el IDEAM, para aprovechar el agua de las lluvias y reducir la dependencia del agua de los acuíferos. "Unas 25 familias del barrio Ciudad Paraíso participaron en la iniciativa", dice Lozano. "Se cambiaron los tejados de las casas, reemplazándolos por un sistema de canalización que recoge el agua de las precipitaciones" y las lleva a tanques ubicados en los patios. El agua que sobra se deriva a una cisterna comunitaria para ser utilizada en la temporada seca. "Se trata de un proyecto pionero en la región que suministra el 40% del consumo diario de agua de las familias", le dijo Lozano a BBC Mundo.

"Unas 25 familias del barrio Ciudad Paraíso participaron en la iniciativa. Se cambiaron los tejados de las casas, reemplazándolos por un sistema de canalización que recoge el agua de las precipitaciones y las lleva a los tanques ubicados en los patios" Ricardo Lozano, director del IDEAM

Colombia, el país "con mayor riesgo"

Pero San Andrés es tan sólo uno de los muchos ejemplos del impacto climático en Col ombia.
Según le dijo Lozano a BBC Mundo, ese país es uno de los que más siente la incidencia del calentamiento global en América Latina, por el aumento de la intensidad y presencia de los fenómenos climáticos extremos. Lozano se refiere en particular a la variabilidad del clima y a los fenómenos meteorológicos extremos como La Niña o El Niño, un evento climatológico que tiene lugar cada entre tres y siete años, que se inicia cuando se calientan las aguas supe rficiales del Pacífico central y que afecta a todo el mundo. El cambio climático provoca fenómenos extremos en Colombia como inundaciones o sequías.

El regreso de El Niño

"El Niño en nuestro territorio provoca la disminución de lluvias en la región andina. Esto afecta los ecosistemas de alta montaña, la economía y el abastecimiento de agua potable", aseguró Lozano. Y aclaró que Colombia siente más fuerte los efectos del cambio climático que -por ejemplo- países como Perú, Venezuela o Ecuador, por la particular relación que se da en el país entre riesgo y vulnerabilidad. "Los eventos extremos como El Niño o la Niña se manifiestan en déficit de lluvias en la zona de los Andes", dice el director del IDEAM, y justamente allí y en el Caribe "vive el 80% de la población colombiana". "Si ocurriesen donde no hay población, la amenaza sería alta pero el riesgo sería bajo", acota.

"Los eventos extremos como El Niño o la Niña se manifiesta en déficit de lluvias en la región andina, donde vive el 80% de la población colombiana" Ricardo Lozano, director del IDEAM

Fresa por papa

Lozano le explicó a BBC Mundo que además del proyecto en San Andrés, hay muchos otros ejemplos de adaptación al cambio climático en el país. Entre estos proyectos destaca los trabajos de recuperación y protección de las cuencas de agua del páramo de Chingaza, un ecosistema ubicado en la Cordillera Oriental de los Andes, a una hora y media de Bogotá, "que entrega el recurso hídrico al 25% de la población de Colombia. "En esa región", añade Lozano, "los habitantes han comenzado a cambiar sus prácticas para administrar el agua de manera más eficiente". "Por ejemplo", comenta, "han dejado de regar de forma permanente y ahora lo hacen gota a gota, reemplazaron cultivos que necesitan mucha agua como la papa por otros que requieren menos, como la fresa o la mora. También se han plantado árboles en las cuencas degradadas o se deja que se recuperen por sí solas". Además, añade, se han instalado en zonas de alta montaña "estaciones de meteorología y monitoreo para medir el ciclo del agua y también del carbono, tanto de su emisión como de su captura".

Fuente: BBC Ciencia y tecnología